1、运行维护管理意识普遍缺失

　　目前，小型农田水利工程建设基本上都是由国家政府补助形式所建立起来的。在工程项目建设过程，水利工程的立项、图纸设计的科学性和施工质量都得到了很好的控制。但当项目建设完成后，政府部门对水利工程项目的监督力度却逐渐减小，这使得水利工程的后期维护管理工作很难得到有效保证。很多维护管理人员都不同程度存在着维护管理水平偏低、维护管理意识缺失的问题，以致于很多小型农田水利工程项目的功能性逐渐降低，最终不得不停用或弃用。

　　2、运行维护管理体制不够完善

　　目前，负责小型农田水利工程建设的部门是乡（镇）级别的水利站，水利站作为农田水利事业的基层组织，其不仅承担着水利调控的职能，更承担着水利农田管理服务的任务。近年来，随着用水需求的增大，小型农田水利工程建筑逐渐增多，这使得乡（镇）水利站原本就不多的工作人员，更是忙得不可开交。对于一些无法实现维护管理的小型农田水利工程，乡（镇）水利站只能委托村委会进行代管。虽然村委会的管理人员虽然很想做好对水利工程的维护，但维护管理技术的缺失，使得他们很难真正的发挥出农田水利工程管理者的作用，甚至有时候的工作会适得其反，使水利工程出现进一步的损坏，这为农田水利工程维护管理工作带来了非常不利的影响。

　　3、运行维护管理经费缺乏保障

　　在小型农田水利工程建设过程中，虽然国家政府部门会进行很大程度上的补助，但补助额度最高能够达到70％左右，也就是说仍有30％的资金是需要民众筹集而来。然而毕竟民众的资金筹措力度有限，这就使得水利工程项目建筑很容易出现配套资金缺口。在这种情况下，水利工程项即使得到了有效建设，其配套的运行维护管理资金也必然会存在不足，这就使得很多维护措施无法实施，进而导致小型农田水利工程出现运行维护管理问题。