随着新农村建设的完善，弊端日益明显地暴露出来，已经不适应新农村建设的要求，必须进行改革，通过改革促进发展。其具体措施如下：

　　1.加强创新发展

　　1.1保证水资源的有效配置和可持续利用原则。我国水资源贫乏，实现水资源的优化配置，提高水资源利用效率是社会经济长期健康发展的基本条件。所以，我国农村小型水利工程管理体制必须保证水资源的有效配置和可持续利用。

　　1.2社会效益与经济效益兼顾原则我国农村小型水利工程是国民经济和社会发展的重要基础，其管理体制必须保证公益性水利工程兼顾社会效益与经济效益。其管理体制一方面要追求工程社会效益的实现，保障社会、经济发展对防洪保障、水资源供给的需求，另一方面，又必须着眼于工程管理单位本身的良性运行和可持续发展，在盈利性与公益性之间寻求平衡点。

　　1.3实现责任管理发展

　　新时期农村积极实行小型水田水利工程的责任管理发展制度，保证各类水利工程的有效发展与管理，实现责任化管理细则，确保监督检查水利工程的管理可以维持农村水利运用的安全运行与有效管理，确保水利工程的正常监督，实现行政部门的政企分离经营，而且要确保水利行政部门的职能，要实现责任管理发展能力，提高运行和维护的能力，保证工程安全和发挥经济效益。投资运行与企业管理的水利工程要防止出现安全事故，一旦出现事故要依法追究相关部门和水利管理单位以及当地政府的责任。

　　2.耗费收费与耗费补偿制度

　　政府投资主要用于关系国家安全和市场不能有效配置资源的经济和社会领域，包括加强公益性和公共基础设施建设，保护和改善生态环境，促进欠发达地区的经济和社会发展，推进科技进步和高新技术产业化。从农村小型水利工程的作用、功能看，是典型的纯公共服务产品，水利工程的管理、运行费用补偿完全应该由政府予以支付，政府应该建立水利工程耗费补偿制度，保障纯水利工程安全运行。

　　3.积极推行管养分离

　　在对农村小型水利工程科学定岗和核定管理人员编制基础上，将水利工程维修养护业务和养护人员从投资运行主体中剥离出来，独立或联合组建专业化的养护企业，以后逐渐通过招标方式择优确定维修养护企业各级政府和水行政主管部门及有关部门应当努力创造条件，培育维修养护市场主体，规范维修养护市场环境。

　　4.全面加强在建农村水利工程建设的监管力度

　　在农村水利工程的建设施工过程中，工作人员需要制定合理的规划方案，在施工中，要严格按照设计方案进行操作，同时，还要有一套完善的管理制度与监管体系。这样才能够最大限度保障施工质量，促进农业经济的发挥。

　　4.1管理机制的建立。在农村小型水利工程的建设过程中，建立科学完善的管理体制，是非常重要的。它能够保障工程的顺利进行与合理施工，也能够是工程质量得到最大限度的保障，并且，还能够提高施工速度，规范施工行为，使其能够合理有序进行。

　　4.2严格设计资质证制度和工程招投标制度。要依据审批工程的规模，建立健全资质认证制度，确保聘请具有一定设计资质的、从事相应水利工程的设计单位设计，严禁无资质的单位和个人通过不正当渠道获取从事水利工程设计的权力，设计图纸必须加盖资质证章方能使用。

　　5.全面加强现有水利工程的使用管理和维护

　　5.1安全管理，安全管理的首要条件是加强《水法》宣传，在防止水利工程受到洪水等自然灾害侵袭的同时，也要防止少部分惟利是图者人为破坏。其次是工程建设没有主次之分，每个环节都很重要，特别是工程配套设施的建设质量一定要保证，如小型水库的泄洪口等。

　　5.2内业资料管理，关于工程管理的标准、规定、法律等资料必须齐全；设计图纸及文件、施工记录、检测结果、竣工验收报告等应立项建档；工程建设中出现的问题及解决的结果以及工程管理的各项检查记录资料也应当妥善保存。