现代防洪堤工程在规划设计阶段，开始对工程所能创造的生态效益开始进行衡量，传统的规划设计多局限于对工程经济效益的考虑，随着生态效益在堤防工程领域的提出，也充分的证明了堤防工程建设已具有生态环保意识。此外在规划过程中，防洪堤工程不应不限于工程本身，要考虑整个河道的生态环境，规划设计既要考虑工程上下游的环境保护问题，规划设计应该是对整个河道生态群落系统的规划。现代堤防工程勘察工作应更为全面，在勘察过程中将生态系统、生态群落与水域沿岸生态环境质量作为勘察工作的具体内容，不仅仅是对地质水文环境的勘察。

现代防洪堤工程布置堤防时，不应出于经济效益的考虑，将河道予以曲直，降低河道建设投资成本，而应在布置河道时尽量考虑维护河道的原貌，这样才能避免认为施工对水域生态系统所造成的人为破坏。按照相关原则规定确定提防间距，保证水工能够协调生态保护和行洪之间的矛盾，确保土地开发利用与水资源利用之间的关系平衡。不但要保证河道行洪能够满足相关要求，同时还应当预留一定的浅滩跨度以及植被生长空间，这是保护河流生物系统的基础，也能够有效的保留河流自洁能力。渗透稳定以及滑动稳定是堤型选择的基本安全原则之一，除此之外，生态保护以及生态恢复也是堤坝选型的基本要求，本地材料的选择以及缓坡结构的使用能够提供良好的植被生长空间，使得河流侧向联通性能良好。

河流断面设计时，应按照自然河道纵、横断面的多样性变化特征，尽量避免河床的平坦化，采用非规则断面，浅滩与深潭相间。有助于增加与生物的亲和力及与自然风景相协调。在对岸坡防护工程进行工程设计时，在满足基本安全防护功能的基础上，不能一位求新，应在权衡工程周围环境的前提下，选择与周围环境景观相协调的岸坡防护工程。在城市水域整治的景观建设中，应强调保留江河湖泊天然的美学价值，应更多注重生物栖息地建设，避免将水流置于过多的亭台楼阁等混凝土与砌石形成的人工环境之中。为降低施工环境对生态系统的冲击，保障工程效果的实现，并延长生态工程的寿命，应加强生态工程的前期养护和后期管理，包括维护、监测和评估，并积累数据和经验。