（一）缺乏内部会计控制意识

　　水利工程的管理人员以及职工没有认识到内部会计控制的重要性，缺乏内部会计控制的意识。首先，水利工程项目的建设与决策是由单位的管理者决定的。如果管理者没有内部会计控制意识，那么水利工程的财务管理将会出现很大的问题。其次，目前水利工程项目财务管理职工往往接触不到高层的管理与决策，其会计能力欠缺且严谨性不够，缺乏坚实的责任感，缺少对水利工程内部会计控制认识。由此看来，水利工程相关的工作人员都缺乏一定的内部会计控制意识。会计能力也相对欠缺，缺乏内部会计控制的可行性与可操作性，由此产生的问题将会对水利工程的财务管理和内部会计控制体系的建设带来极大影响。

　　（二）内部会计控制执行力欠缺

　　水利工程项目的内部会计控制欠缺一定的执行力。尤其是对预算的管理缺乏严谨性。水利工程是一项复杂且庞大的建设项目，我国的水利工程项目预算往往不够精算。一些可以避免的预算都在预算经费的范围内出现，且项目会计工作旺旺没有明确开支的标准和范围，造成水利工程项目预算远远超过了合理预算范畴，这对国家人力、物力、财力都是一种巨大的浪费。内部会计控制执行力的欠缺体现出我国预算体制的不完善，也是水利工程财务管理内部会计控制过于形式化的结果。

　　（三）会计监督机制不够健全

　　水利工程项目采用的会计监督机制不够健全。甚至相对落后。无法与现代水利工程项目的建设与运作相衔接。许多专项经费例如防汛费、维修费、水利基金等往往缺乏标准的开支规范与范围，没有建立起一个财政监督与会计监督机制。另外有一些水利单位所做出的会计内控制度在一定程度上缺乏合理性，甚至全盘搬用一般会计制度进行水利工程项目的会计管理与监督，这往往会产生不良的效应。应根据水利工程的特点建立并健全会计监督机制。加强内部会计控制，减少会计工作过程中因组织管理、人员安排、科学技术等方面导致出现经济损失的可能性，并能够根据工程情况变化不断做出新的调整，不断完善会计监督机制。