RTK技术运用到水利工程测量工程中，能够适应水利工程高精度要求。但是现阶段，该项技术在水利工程测量中的应用还不够成熟，存在一些问题，对工程测量造成影响，因此，有关人员应当结合测量缺陷、总结经验，加大研究力度，着力改进，提高RTK技术的应用水平，促进RTK技术的发展。

结合实践而言，RTK技术在水利工程测量中主要存在以下缺陷，在RTK技术未来的发展中，应当着力解决此类问题。

①受卫星状况限制。由于GPS导航系统是以美国为主导位置的，卫星系统的位置在某些时段是对于某地区是不能被覆盖到的，所测量的数据会产生假植。尤其是对于高山峡谷处、原始森林密集区甚至城市的高楼密集都会在某些时间段出现信号被遮挡的现象，使得作业结果出现偏差。所以，针对这一问题，技术运用时要通过星历预报作出适宜的工作时间组织管理。

②数据链传输受干扰和限制、作业半径比标称距离小的问题。RTK数据传输时容易由于高大的山体或建筑物的遮挡或者不同的信号干扰而使得数据传输受到限制。针对这种情况，在发展该项技术时，注意将基准站设置于测区中心的最高位置点。

③精度和稳定性问题。由于RTK的状态受卫星状态及天气状况影响较为明显，所以其精度和稳定性方面较全站仪还稍显不足，为保证其足够的精度及稳定性，需要在控制点的布设过程中，需要设置此控制点对RTK测量过程进行校核，处理精度和稳定性不足等缺陷。