1、水利工程对所在地气候的影响

在我国，许多地区的气候都是比较稳定的，稳定的气候对农业等有着重要的作用。随着一些大型水利工程在一些地区建设，一些地区的气候被改变。例如一些大型水库的修建，改变了所在地的空气湿度，进一步使当地的降水量发生改变，这些改变对当地的生态环境产生了一定的影响，有的甚至可能影响当地农作物的种植，造成一些生态物种的灭绝。

2、水利工程对水体的影响

在水利工程中一个最大的影响主体就是水体。大型的水利工程修建后当地的水体分布发生了改变，这对当地的水体有着很大的影响。第一，大型水利工程的建设影响了地下水体的流动。在一个地区地下水的流动有着自己稳定的流动方向和流速，当一些大型水利工程建设的时候对当地地下水造成了来自水利工程中水体压力的影响，将会改变地下水体原有的流动方向和流动速度，这对当地的饮用水的取用是不利的，可能造成一些地区因此而缺水。第二，水利工程的建设改变了地下水的补给方式。在一个地区地下水和河流水有着稳定的补给方式，这能对洪涝灾害的控制有着重要的作用。一些像水库这样的大型水利设施的建设，将改变原来地下和河水的补给关系，这将导致一些地区产生严重的洪涝灾害，而且在一定程度上还会影响河流周边农业的发展。

3、水利工程的建设将严重影响水生生物和陆生生物

水利工程的建设最直接的影响是改变当地的水生生物生存环境。在一些大型水利工程的建设中改变了河流的流向、一些大型水库的修建改变了原来水生生物的生存环境并引入了一定的外来物种。这些都将对当地的水生生物造成严重的影响。水生生物生存环境的改变将导致一些原有的水生生物因为不能适应生存环境的改变而灭绝，而一些适应性较强的水生生物物种存活下来并大量繁殖。这种改变就导致当地稳定的食物链产生破坏，威胁当地生物的生存。另一方面水利工程的建设还会对陆生生物产生影响。水利工程建设改变了当地水资源的分布，造成一些陆生生物的大量繁殖。一些大型水利工程的建设阻碍了生物的迁徙路线，造成一些陆生生物的直接灭绝。水利工程建设对水生生物和陆生生物将产生直接和间接的影响，导致生物间稳定的生态关系被破坏。