长期以来，农村水利管理体制方面存在的种种缺陷，已成为制约农田水利建设健康运行的关键因素之一，推进农村水利管理体制改革势在必行。

　　（1）加快推进农田小型水利设施产权制度。

　　改革。对目前农村所拥有的农田小型水利设施要明晰所有权，因地制宜，采用承包、租赁、拍卖、股份合作等灵活多样的经营方式和运行机制进行改革，允许产权流转，吸引社会资金投入，促使农田水利建设管理尽快与市场经济体制相适应。同时，根据《水利工程管理体制改革实施意见》规定，水利管理单位改革后，公益性的运行管理费用由同级财政列支，但由于农田水利工程绝大多数属于县（市）级管理，而县（市）级财政特别是中西部地区大多是吃饭财政，又是农田水利建设任务最繁重的地区，为此，为了确保农田水利工程的全面健康运行，建议中西部贫困地区农田水利工程维护运行经费和职工工资方面的资金缺口主要由中央和省级财政承担。

　　（2）积极推进水价改革。

　　水价改革应按照“补偿成本、合理收益、节约用水、公平负担”的原则进行，既要保证农民负担合理，又要使水利管理单位有相应收益，扩大发展，从而使水资源的所有权、使用权、分配权、收益权等权利价值得到合理体现，让价格在水资源利用和保护方面起到应有的作用。

　　（3）应积极引导农民成立用水者协作组织。

　　各级政府和有关部门应把组建农民用水者协会与发展民营水利、改革用水体制、加快农田水利基本建设步伐有机结合起来，并作为农业灌区的主要改革模式，建立和完善由农民用水者协会管理水利设施、护理末级渠系和收取水费的经常性管理制度，着力解决多年以来农田水利管理“主体”缺位和责任、权利、义务界定不清，水资源严重浪费，效率和效益发挥不理想等问题。各级财政、水利部门应通过以奖代补政策的裂变效应，积极引导和扶持农民用水者协会的健康发展，有效运行，让那些因无管理机构、无管理人员、无管理经费而被长期弃用的中小型水库尽快发挥作用。