在建设项目竣工验收过程中，如果发现无障碍设施不合格，建设单位应当按照相关法律法规的要求进行整改。根据《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》以及《无障碍环境建设条例》等相关规定，具体措施可能包括：
1. 建设单位应立即停止使用该部分设施，并组织专业人员对存在的问题进行评估和整改。
2. 针对发现的问题，建设单位需要制定详细的整改方案并上报给负责验收的主管部门或机构审批。整改方案中应当明确整改措施、完成时间及责任人等信息。
3. 整改完成后，需重新申请竣工验收。此时，除了提交常规的验收资料外，还需附上整改报告和相关证明材料，以供审查。
4. 若在规定期限内未能完成整改或整改后仍不符合标准，则可能面临罚款、暂停营业等处罚措施。
总之，在确保工程质量的同时，也要重视无障碍设施建设的质量与安全，保障所有使用者的基本权益。