在深水区进行桥墩施工确实面临很多挑战，这些难点主要可以从以下几个方面来考虑：
1. 水文条件复杂：深水区域水流速度可能较快，且受潮汐、风浪等自然因素影响较大。这不仅增加了施工难度，还可能导致工程安全风险增加。
2. 地质情况不明朗：深水中地层结构复杂多变，可能存在软土、岩石等多种不同性质的地层，给基础处理和桩基施工带来困难。
3. 材料运输与堆放问题：在远离陆地的水域中作业，建筑材料的运输成本高且效率低。同时，在有限的空间内合理安排材料堆放也是一大挑战。
4. 设备适应性要求高：需要使用能够适应深水环境的专业施工机械和设备，如大型起重船、打桩船等，并确保这些设备能够在恶劣天气条件下正常工作。
5. 环境保护压力大：在水中作业时需特别注意对周围生态环境的影响，避免造成水质污染或破坏水生生物栖息地等问题。
6. 安全风险较高：深水施工环境复杂多变，工人面临的安全风险较大。因此，在施工过程中必须严格遵守安全生产规范，采取有效措施保障人员生命财产安全。
为了克服上述难点，通常需要在项目前期做好详细的勘察设计工作，并结合实际情况选择合适的施工方案和技术手段。此外，加强现场管理、提高应急处理能力也是确保工程顺利进行的重要措施。