为保证水利工程项目实际发生的成本费用不超过项目预算，需要对工程项目进行成本计划编制、成本核算、成本分析和成本控制。这一系列管理过程和活动就构成了水利工程项目成本管理我国施工单位对成本管理的研究起步比较晚，虽然引入许多国外先进的工程项目成本管理体系，由于体制因素、人为因素、制度因素等方面的原因。导致洋体系水土不服。无法充分发挥其管理体系的成效尤其是水利工程项目自身的特点。成本管理还存在着很多不足之处。具体表现在以下几个方面：

1）未形成完整、科学、系统的水利工程项目成本管理体系：

2）水利工程项目成本预测方法普遍缺乏时效性、灵活性；

3）水利工程项目成本计划编制缺乏分类管理：

4）水利工程项目成本控制缺乏前期能动性。过程管理缺失导致工期随意性强。资源无法达到最优配置：

5）水利工程项目施工过程中不能及时进行成本和进度偏差分析。无法实现成本的动态化控制。