第一，水利工程建设在治理水源河流的同时迫使该地区人民背井离乡，大量水库移民的生活得不到应有的保障，新环境的适应与发展也考验着水库移民群众的心理与身体承受能力，新人移民与原址居民文化与习俗的融合程度等等问题随之而来，需要及时出台相应政策给予解决，保证移民群众的生产生活，减少因为移民问题产生的社会矛盾。移民过程中的水土流失、毁林开荒等环境问题也需要得到重视。

第二，水利工程建设对于人文资产的影响是不可估量的，很多水库大坝选址区都存在大量的文物古迹，一旦进行水利工程建设势必会损毁这些人文资产，而这些资产都是不可再生资源，损毁就意味着不可复制，有效的保护和保存人文资产是必要之举，这些人文资产代表着华夏文明的历史变迁，是时代赋予人类的宝贵财富，更是祖国的无价瑰宝，因此在进行水利工程建设时需要慎重决策，妥善保护这些珍有资产。三峡水利工程在始建之初就对治理地区的文物遗产进行了必要的转移，将很多文物古迹收录在博物馆内，并对一些地质遗产进行录像，保证日后的研究。即便如此在水利工程建设中还是不可避免的淹没了一些名胜古迹，为后世的考古与学习造成了一定影响。