国家土地督察行政编制360名。机构设置为国家土地总督察及其办公室，向地方派驻9个国家土地督察局，分别是国家土地督察北京局、沈阳局、上海局、南京局、济南局、广州局、武汉局、成都局、西安局。

国家土地督察北京局，督察范围为：北京市、天津市、河北省、山西省、内蒙古自治区；

国家土地督察沈阳局，督察范围为：辽宁省、吉林省、黑龙江省及大连市；

国家土地督察上海局，督察范围为：上海市、浙江省、福建省及宁波市、厦门市；

国家土地督察南京局，督察范围为：江苏省、安徽省、江西省；

国家土地督察济南局，督察范围为：山东省、河南省及青岛市；

国家土地督察广州局，督察范围为：广东省、广西壮族自治区、海南省及深圳市；

国家土地督察武汉局，督察范围为：湖北省、湖南省、贵州省；

国家土地督察成都局，督察范围为：重庆市、四川省、云南省、西藏自治区；

国家土地督察西安局，督察范围为：陕西省、甘肃省、青海省、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团。

国家土地督察机构设总督察1名，由国土资源部部长兼任；兼职副总督察1名，由国土资源部1名副部长兼任；专职副总督察（副部长级）1名。国家土地总督察办公室设主任1名，副主任2名。每个国家土地督察局设局长1名、副局长2名和国家土地督察专员若干名。