基本农田保护区划定的程序包括编制总体规划、划区定界、设立保护标志、建立档案、验收确认等方面。

　　1.编制总体规划，确定保护方案。划定基本农田保护区的依据是土地利用总体规划。

　　2.划区定界，编绘基本农田保护区图。基本农田保护区以乡（镇）为单位划区定界，由县级人民政府土地行政主管部门会同同级农业行政主管部门组织实施。

　　3.设立标志。划定的基本农田保护区，由县级人民政府设立保护标志，予以公告。任何单位和个人不得破坏或者擅自改变基本农田保护区的保护标志。

　　4.建立档案。由县级人民政府土地行政主管部门建立档案，并抄送同级农业行政主管部门。

　　5.验收确认。基本农田划区定界后，由省、自治区、直辖市人民政府组织土地行政主管部门和农业行政主管部门验收确认，或者由省、自治区人民政府授权设区的市、自治州人民政府组织土地行政主管部门和农业行政主管部门验收确认。