《中华人民共和国土地管理法》、《基本农田保护条例》和国土资源部制定的有关规章对基本农田保护制度作了规定。这些制度概括起来主要有以下几个方面：

　　基本农田保护规划制度各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应将基本农田保护作为规划的一项重要内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。

　　基本农田保护区制度县级和乡（镇）土地利用总体规划应当确定基本农田保护区。保护区以乡（镇）为单位划区定界，由县级人民政府设立保护标志，予以公告。

　　占用基本农田审批制度基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事等重点建设项目选址确实无法避开基本农田保护区，需要占用基本农田，必须报国务院批准。

　　基本农田占补平衡制度建设占用多少基本农田，就必须补划数量相等、质量相当的耕地，确保本行政区域内土地利用总体规划确定的基本农田面积不减少。

　　禁止破坏和闲置、荒芜基本农田制度禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动；禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田；禁止任何单位和个人擅自占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。

　　基本农田保护责任制度县级以上地方各级人民政府都要承担基本农田保护的责任。要通过层层签订基本农田保护责任书，将基本农田保护的责任落实到人、落实到地块，并作为考核政府领导干部政绩的重要内容。

　　基本农田监督检查制度县级以上地方人民政府应定期组织土地、农业及其他有关部门对基本农田保护情况进行检查，发现问题及时处理或向上级人民政府报告。

　　基本农田地力建设和环境保护制度地方各级人民政府农业行政主管部门和基本农田承包经营者，要采取措施，培肥地力，防止基本农田污染。