目前，较为常见的代建管理模式有两种：一种是全程代建模式。建设项目获得初步设计即概算批复到项目竣工验收合格之后，也可在合同中设定为项目保质期满之时。另一种模式是两段式代建即项目前期代建和后期代建两个阶段。项目前期代建是编制项目建议书开始至项目施工总包、监理通过招标方式确定为止；项目后期代建一般从领取项目开工证开始至项目施工保质期结束。两段式代建适合于规模大、工期长的项目。应根据不同的代建管理模式在常规审计基础上关注以下审计重点：

　　项目代建费的审计。由于代建收费迄今为止没有统一标准，一般地方都采取代建费加节余奖励作为代建单位的报酬。政府应该出台财政、审计等部门认可的代建费标准，最好由投标单位投标，评审专家评审。项目代建费应包括代建单位在项目前期，建设准备、实施、验收阶段发生的成本，应交的税费（如营业税及附加税、所得税）和合理的利润。按照财政部财建（2004）300号文件第四项“项目代建单位的代建管理费标底由同级财政部门比照基建财务制度规定的建设单位管理费标准编制”的意见，由于标准较低，审计的重点应在“节余奖励”上，审查与合同约定是否一致。

　　变更工程的审计。一般的代建工程应在投资概算之内，由代建单位对由安全隐患以及由地质因素制约所引发的追加投资变更进行技术上调整，如果有权威机构的免责请示批复，则应审核追加投资的依据、批准程序以及合理变更引发的核减核增的准确性，防止越权审批、虚增投资额和工程量等人为因素的干扰。

　　赔偿事项的审计。根据代建制的设计要求，代建单位未能完全履行《项目代建合同》，擅自变更扩大规模，提高标准，致使工期延长、投资额增加或工程质量不合格所造成的损失，一律从代建单位的银行履约保函中补偿，履约保函金额不足的应扣减项目代建费，代建费不足的由代建单位自有资金支付，该代建单位在一定时间内不得参与该地区代建单位投标。同时，也容易发生代建单位对投资方的索赔问题。因此，对赔偿事项应列为审计重点，避免人为干扰导致投资和赔偿风险的转移。

　　管理和效益的审计。重点审查项目建议书提出的依据与实际建成后的效果是否一致，审查环境保护设施的同步性及实施的有效性，分析影响投资效益的因素。审查代建合同，是否明确使用单位或运营单位职责，是否明确代建单位作为项目法人的权利和义务。是否明确对代建单位的约束责任，如赔偿办法、争议解决机制、责任追究、回避和免责条款等。审查代建单位所有招标活动的记录，是否合法合规。审查征地拆迁等工程造价控制的有效性。审查财务支出中合同签订单位与付款单位是否一致，有无非法转包分包等问题。审查监理、设计、施工单位签证的合法性和真实性。对有争议的事项应运用现代化检查测量工具，避免手工操作的误差过大而削弱审计报告的权威性。