近年来，我国施工企业在开展施工总承包管理方面取得了一些成绩，积累了一些经验，但是在某些方面仍然存在着不尽完善的地方，主要体现在以下几个方面。

市场秩序不尽规范。我国建筑市场竞争秩序不规范。在我国建筑市场上，对投资行为几乎没有约束，政府维持公平交易的能力较弱，导致建筑市场竞争秩序比较混乱。业主普遍要求施工总承包企业垫资，压价、拖欠工程款等现象仍然以不同形式存在。业主将与施工总承包企业的不公平交易当作正当的经营手段加以运用，参与投标的企业知识产权得不到保护，现行法律法规保障公平交易的力度不够，执法监管不严，使施工总承包企业处于极为被动的地位，导致施工总承包企业普遍效益低下，利润低微，甚至是亏损，利润不能与企业的营业收入实现同步增长，有的企业甚至呈现逆向变动。这一方面是建筑市场供大于求的正常反映，另一方面也反映了工程建设管理、运行机制方面存在的问题，这些问题严重影响了建筑业的健康发展。利润空间过窄甚至消失对于行业的发展极为不利。

全国统一的建筑市场环境远未形成。我国一些地方行业主管部门出台地区封锁政策，要求外地施工总承包企业进入该地建筑市场必须在当地工商行政管理机关注册登记，设立独立法人，并有固定营业场所和一定的注册资本金，加大了外地施工总承包企业进入当地市场的难度，人为形成了市场进入壁垒。这与建立统一开放、竞争有序的建筑市场的目标相悖。

资质管理不适应发展要求。目前，我国施工总承包企业的资质定位与实际需求差距甚大，资质管理标准带有浓厚的部门管理色彩。主要表现在以下三个方面：

资质划分过细。在现行的35种资质类别中，有23种是按国务院有关部门的业务管辖内容划分的。过细的类别划分，形成了行业壁垒，使得相近专业的施工能力得不到发挥和发展，影响了企业的市场开拓，弱化了企业功能的发挥。

资质与实力不符。一些由政府部门转变形成的企业，由于生存压力小，介入市场不深，除了牌子以外一直没有达到与总承包企业相称的能力。另外，我国专项分包企业资质标准尚未制定，因此，劳务型企业无法注册登记，绝大部分企业都来争夺施工总承包资质。达不到条件的，特别是新企业、小企业就采用大联合、挂靠等办法攀附资质条件，所以，相当数量的中小企业名不副实。

资质管理措施不能充分体现优胜劣汰原则。资质管理措施的核心是动态管理，应严格按资质标准和规定办理，该升的升，该降的降。但在资质管理操作过程中，企业升级难，降级也难。基本上是低级别企业降级易，高级别企业降级难。

产业结构不尽合理。2005年我国建筑施工企业平均每家企业的施工规模仅为1．95万平方米。这一方面使企业极难实现规模与利润同步增加，另一方面造成大量企业为同一工程过度竞争，导致无效工作和隐形失业增加。很多企业营业额增加了，利润却在下降。也正是由于产业集中度过低、投资导向及行业壁垒等历史原因，我国大多数国有建筑企业的产业结构是平台型的，仅是在比较简单的单项工程或某一专业专项工程中进行低层次的重复竞争——大、中、小企业都在相同的平台上，以相同的组织形式、相似的管理方式及相近的生产水平，仅是以价格差异作为主要手段进行非有效竞争，甚至恶性竞争。这导致很多企业经营规模做得很大，经济效益却无法上升，企业的综合实力亦很难提高。产业集中度不高使我国建筑业始终存在着总包不强，分包不专，劳务市场滞后、混乱的现象。这种产业结构不可能适应建筑业的行业特点和生产力发展规律，也不能建立正常的建筑市场秩序。由于存在这些弊端，至今建筑业二级市场发展缓慢，施工企业分包工程只能对专业承包公司，专业承包公司再选用劳务公司。最终导致多头管理，道道设卡，层层剥皮。

施工总承包企业现代企业管理制度不完善。我国的施工总承包企业具有特级或者一级资质的大多数都是国有企业，近几年虽然加大了改革、改制力度，但是在改革过程中困难重重，改革步伐缓慢，很多企业并未真正地建立起现代化管理制度。在改制过程中大多数施工企业未能结合企业实际情况制定符合现代企业管理要求的章程，原则性条文多，可操作性条文少，实际运行中存在制度与实际运作两张皮的现象，操作过程中无章可循，致使企业章程没有发挥应有的作用。部分企业没有建立起法人治理结构。没有现代化的企业管理制度做支撑，不能从根本上满足施工总承包管理的需要。

项目管理粗放。管理机制不健全、不规范。从项目管理的具体操作上来看，许多企业仍然残留着传统的施工管理模式，并没有将工作重点转移到管理上来。我国很多施工任务是由施工总承包企业将劳务队和自有机械设备、自供材料组织起来完成的，专业化程度低，劳务队伍素质不稳定，技能水平较低，总承包企业要花费大量的人力和资源进行劳务管理，总包方的管理水平也被牵制。由于缺乏完善的专业化分包体系，工程项目管理还处于粗放型阶段。项目经理有很大的经营权力和独立性，虽然这样能够最大限度地调动项目经理的积极性，有利于项目管理的展开，但这种带有小生产特征的项目责任制形式，难以发挥集团公司的规模效应和资源优势，在形成管理合力方面存在很大的局限性。

资金不足易成发展瓶颈。在施工总承包项目中，资金往往成为制约项目顺利进行的瓶颈。在项目上资金的流入主要是工程款的支付，资金的流出主要是工程材料采购、劳务采购、专业分包采购以及发生的其他管理费用。由于资金流入比资金流出滞后，项目上有时会发生短期资金支付困难的情况。资金链不能很好地运转易带来一系列不良后果。这一点对于资金实力不强的企业，特别是抗风险能力不强的中小企业来说具有相当大的杀伤力。