工程总承包管理模式下的合同风险有：设计风险、施工风险、意外风险、物价风险、工程变更等。

1、设计风险

设计风险包括的内容较广，除合同规定的重大变更允许总价调整以外设计文件的错漏、设计失误与不周引起工程变更的风险均由总承包单位负担，其中设计单位的资质信誉、设计与施工的年限差距是影响设计风险的主要因素之一。

2、施工风险

在施工过程中，隐蔽工程（包括基础工程、软基处理等）是投资突破的主要项目；如设计与实际地形不符导致桩基变化、软基处理设计的范围、厚度不能满足要求等情况；这些对于具有经验的承包人也是很难预料的。

3、意外风险

由总承包单位向保险公司购买工程一切保险、第三者责任险和其它应买险种保单，以确保工程在遭受意外风险或其他人为责任事故时，能得到合理补偿并免除承担涉外赔偿或其他责任。

4、物价风险

为了保证工程质量，业主向总承包人供应主要材料，如水泥、钢筋、钢绞线、沥青等，物价上涨的风险会在我国建设市场宏观调控的大形势下逐渐减少。

5、工程变更

由于地方远期发展的要求，地方政府会提出一些新暗的工程项目，或要求提高某单项工程标准，由此增加的费用将会按总承包合同条款的双方约定分别承担。