由于工程量清单的项目特征描述不够全面完整，选用的材料品牌规格不够明确、结算时可能的单价调整方式约定不够详细。使投标企业对项目的判断和综合价格的组成在理解上有误或差异。造成施工合同不能很好地满足合同双方的真实意思表现。

　　实行工程量清单招标以后，签订的合同为单价合同，不再把定额作为计价基础，主要以中标的投标单价为依据。但工程实际往往与清单描述有差异，对报价表中没有相应价格或需调整的价格，及索赔的价格等如何确定，很多施工合同未能详细约定，仅仅是模糊的几点原则，因此成为合同签订的一个重要问题。

　　工程量的错误或变更还会引起施工索赔纠纷，由于工程量清单的计价方式是将各种利润、管理费等计入综合单价中，

　　如工程量大幅减少，施工方会提出利润、管理费等不能同比例减少的要求；如“增加的工程量/因此而增加的施工工期”少于“合同工程量/合同工期”，则施工方又会提出增加现场管理费的请求。尽管施工合同一般约定工程量增加或减少超过15%时，综合单价予以调整，但如何调整也是工程结算时发生纠纷的起因之一。

　　工程量错误的不平衡报价及调高先付款项目调低后付款项目的不平衡报价等使承包人获取了超额利润，但同时也造成了业主的损失，不能体现合同的公平与合理。