由于图纸变更及编制人员水平差等原因，经常会造成实际结算工程量与招标清单工程量相差较大，最终结算价与投标价相差甚远。

　　由于设计变更等原因造成原清单报价需作调整，一般的施工合同约定是在投标单价基础上按原报价水平及思路作调整，但也常常因原投标报价时综合单价存在错误而使调整后的综合单价“错上加错”。

　　由于编制人员的水平或责任心等原因，造成清单的项目特性描述不清或欠准确，造成理解上的差错，如特性描述中漏写部分说明，业主或审计单位一般会认为应按常规考虑，未详细列出的施工内容已经（或应该）包含在清单的综合单价中，而施工单位则会认为应严格按特性描述来考虑，应重新增加新的清单来补充原项目特性未描述的工作内容，从而发生不必要的结算纠纷。

　　措施费调整问题：工程量清单计价方式将措施费分列的目的是不限制投标人的施工方法，投标人在措施项目清单报价中可根据本企业的实际施工组织设计来计算措施项目，但结算时清单的工程量与投标时的工程量往往不一致，工程量的变化，措施费能否调整？如何调整？一直是结算纠纷的重点之一。有的施工合同虽明确注明措施费总价包干，不作调整，但在实际施工中如发生非施工方原因造成的措施费增加（特别是涉及费用较大的情况，如发现地下文物而增加保护措施）或因设计变更等引起工程量增加很多（如原造三层后改为造四层）造成措施费大幅增加的情况，如措施费不调整，也不合合同双方平等、公平的原则。